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我院Philipp Kapranov团队研究成果于Nature Communications在线发表

发布时间:2022-10-05 浏览次数:

DNA损伤与衰老以及癌症等疾病密切相关,其中AP(无碱基)位点是最常见的DNA损伤类型之一,然而高分辨率的AP位点检测方法的匮乏阻碍了人们对其在细胞内分子机制的理解。

 

 

近日,华侨大学医学院基因组学研究所Philipp Kapranov教授团队在Nature Communications在线发表了核苷酸精度的可应用于多种哺乳动物组织细胞类型的AP位点检测新方法SSiNGLe-AP的文章,被期刊选为亮点研究,Highlight在期刊的“Biotechnology and methods(生物技术和方法)”板块。

该文章题为“Complex genomic patterns of abasic sites in mammalian DNA revealed by a high-resolution SSiNG-AP method”,在行业内首次以碱基分辨率揭示哺乳动物DNA损伤全基因组AP位点分布模式。

 


在该研究团队发表的世界上首个单核苷酸分辨率的SSBDNA单链断裂)检测技术——SSiNGLeCao et al, Nature Communications, 2019,期刊亮点研究)的基础上,课题组进一步拓展开发了适用于AP位点检测的研究方法——SSiNGLe-AP(图1,并独创性地开展了一系列研究。该研究发现:(1AP位点在基因组中非随机分布,显著富集于外显子和调控区域;(2)哺乳动物基因组中存在着很多AP热点,其在外显子和调控区域的富集信号更强,并且进一步实验发现部分AP热点很可能是由BER途径产生;3AP位点分布及其与年龄的相关性具有组织特异性;(4AP位点受基因表达水平的影响,倾向于富集在高表达基因区域。

该研究拓展了高精度的DNA损伤检测方法,极大地丰富了DNA损伤资源库,同时为后续的DNA损伤作用机制、衰老以及癌症研究提供了新思路。

 华侨大学医学院博士生蔡烨为第一作者,博士生王芳和博士生张雨菲等参与了研究工作,Philipp Kapranov教授为通讯作者,曹慧芬博士为共同通讯作者。该研究受到国家自然科学基金、福建省自然基金、厦门市科学基金委、华侨大学中青年项目等基金资助。


华侨大学医学院

2022年10月5日

(通讯员:曹慧芬)


论文原文地址:

https://www.nature.com/articles/s41467-022-33594-1

Editor highlight:

https://www.nature.com/collections/idhhgedgig

SSiNGLe方法地址:

https://www.nature.com/articles/s41467-019-13602-7